Vorläufer von freedb war die Compact Disc Database (CDDB), entworfen 1996 von Ti Kan mit der CDDB-Server-Software von Steve Scherf. Freedb entstand, nachdem der CDDB-Betreiber Gracenote 2001 die Lizenzbedingungen geändert hatte und die Nutzung des Gracenote-Dienstes für Entwickler von kommerzieller Software kostenpflichtig geworden war (die Lizenzbedingungen von Gracenote erlauben hingegen die kostenlose Nutzung für nicht-kommerzielle Software; Stand: 18. August 2007). Gleichzeitig stellte CDDB auf ein erweitertes, aber proprietäres Datenformat um.

Am 1. Juli 2006 wurde bekannt, dass sich die beiden Hauptbetreuer der freedb, Jörg Hevers und Ari Sundolm, mit dem Besitzer Michael Kaiser nicht über die Zukunft des Projektes einigen konnten. Interne Streitigkeiten nahmen ein derartiges Ausmaß an, dass Hevers und Sundolm schließlich gleichzeitig ihre Posten räumten. Kaiser sah sich nicht in der Lage, freedb mit den verbleibenden Kräften fortzuführen, und stellte das Projekt zum Verkauf. Bedingung war eine Weiterführung des Projektes in seiner bis dato unkommerziellen Form. Der Softwarehersteller Magix übernahm daraufhin Mitte September 2006 freedb und verlagerte die gesamte Datenbank auf seine eigenen Server. Auch neue Mirrors wurden eingerichtet sowie eine Weiterentwicklung des Projekts versprochen.

Zwischenzeitlich – als die Fortsetzung des Projektes ungewiss war – gründete der Australier Andrew Smith mit freedb2 Anfang Juli 2006 eine Abspaltung, die mittlerweile in TrackType.org umbenannt wurde. Sie basiert auf einem in PostgreSQL konvertierten Speicherauszug der freedb. Mehrere Monate stellte TrackType.org die einzige Möglichkeit einer Websuche in freedb-Daten dar, weil der neue Webauftritt von freedb erst im November 2006 eine Suche bereitstellte. Während TrackType.org anfangs nur den Abruf von freedb-Daten erlaubte, ist es mittlerweile auch möglich, neue Datensätze zu übertragen. Neu übermittelte Daten sind gemeinfrei. Die TrackType-Software steht unter der BSD-Lizenz zur Verfügung.

Aus ähnlichen Motiven ging im Oktober 2006 die unter GPL lizenzierte gnudb.org online. Diese Datenbank basiert ebenso auf einem Dump der freedb. Allerdings ist es dort bis heute nicht möglich, dass User neue Daten originär ergänzen.